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In questa serie si riprende la storia di Sora, Pippo e Paperino da dove si era lasciata: Sora insieme ai suoi amici si ritrova in un mondo totalmente verde, con un unico sentiero in mezzo, dopo gli avvenimenti a "Hollow Bastion".
e perdendo si ottiene...
Il nostro protagonista è depresso perché alla fine non è riuscito a salvare Riku e Kairi che sono ancora dispersi in quel mondo.
Poco dopo, trovano Pluto che sta scappando per quella strada con in bocca una lettera scritta da Re Topolino. Lo rincorrono per prenderla e poterla leggere, ma qualche tempo dopo si trovano alla fine del percorso, dove sorge un maestoso e bizzarro castello.
Entrando all'interno di esso, le porte si chiuderanno da sole bloccandoli in quell'edificio e, un'enigmatica figura ricoperta da una tunica nera con un cappuccio che non lascia scorgere la faccia, li accoglie con queste parole: "Questo è il luogo in cui ottenendo si perde e perdendo si ottiene" lanciando poi una strana carta a Sora e, dopo avergli spiegato che deve alzarla davanti alla porta che si trova dinanzi a loro per poterla aprire, si dilegua.
Sora fa come gli viene detto dalla figura incappucciata e, una volta aperto il passaggio, scoprirà di essere nella Città di Mezzo, il primo mondo dove era stato quando era partito per il viaggio.
Qui si trova a combattere contro degli heartless e incontrerà i suoi vecchi amici Squall, Cid, Yuffie e Aerith. Ma con sua grossa sorpresa e dispiacere si accorgerà che nessuno di loro si ricorda di lui e degli altri. Resteranno comunque con loro a parlare e a divertirsi, accorgendosi che alla fine non cambia nulla tra loro anche se non si ricordano dei nostri protagonisti. Successivamente troveranno la porta per riaccedere al castello, vi entreranno lasciandosi alle spalle i loro nuovi-vecchi compagni.
Una volta entrati nella porta Sora, Pippo e Paperino si ritrovano di nuovo a faccia a faccia con la figura incappucciata che gli spiegherà che il mondo che hanno visitato era una semplice illusione creata dalla loro memoria, quindi li sfiderà ad una lotta dopo essersi scoperto in volto.
L'incontro finirà senza un vincitore ed Axel, questo è il suo nome, gli lancerà una nuova carta, quella del mondo di Agrabah.
Però, quando torna da quel mondo, Sora perde la memoria riguardo a Kairi e al suo posto si ricorderà di un'altra ragazza: Naminè, che in realtà non è mai esistita nella sua vita.
